引發自律神經失調的疾病成因眾多，需要經由專業的醫師診斷才能夠判斷病因並且對症下藥。某些病患具有高風險因子，如罹患糖尿病、帕金森氏症，或是病患正在接受某些癌症用藥，則其用藥可能會引發自律神經失調。此時，醫師可以根據病患病情狀況，搭配病因作診療。
但大多數患者，在病史上缺乏自律神經失調的高風險因子，也就是不確定成因爲何，此時醫師就要透過相關儀器檢測，先排除可能的生理疾病造成的問題，才能判斷患者是否罹患自律神經失調。往往，這一類型的患者，在出現病徵時，並不了解自己是罹患自律神經失調，所以沒有辦法在一開始的階段就作出正確的判斷與治療。其主要原因在於自律神經失調的症狀不一且特別雜亂，患者可能出現大腸激躁症，就去掛腸胃科；出現心悸、胸悶就去掛心臟科或胸腔科等等；因而造成「頭痛醫頭、腳痛醫腳」，無法對症下藥的窘境。
造成自律神經失調的因素很多，包括壓力、食物、睡眠、基因表現等等，每個人的發生原因也不相同，但長期、慢性的壓力是其中最重要的一項。壓力的刺激透過中樞神經及自律神經系統的處理，會刺激壓力賀爾蒙（皮質類固醇）的分泌，因而影響心跳、呼吸、血壓、免疫，醣類及脂肪代謝等身體各大重要系統的功能，另外，經由交感神經與副交感神經系統之傳輸，壓力長期不斷累積的結果，就會導致功能性疾病（生理檢查都呈現正常的狀態）。
目前在治療上，第一階段為針對患者的主要病徵做處理，如患者因為自律神經失調而患有大腸激躁症，則會搭配腸胃科用藥對病徵做處理，緩解症狀。亦可使用相應神經調節療法（逆行性神經療法），藉由訓練自我控制自律神經系統中的副交感神經的活躍程度，以達到緩解自律神經失調症狀的目的。在急性症狀緩解後，第二階段為針對成因的緩解治療，例如針對壓力來源做心理治療，或搭配抗憂鬱、抗焦慮藥物治療，假設患者是因為廣泛型焦慮症而引發自律神經失調，則其焦慮症治療即為調整自律神經失調症狀的首要目標。
自律神經失調是絕對可以被治療的，患者千萬不要存有「這是多年老毛病了，算了，無法根治！」這樣的想法。自律神經失調所牽涉的範圍、影響的器官，可說是全身性的，因此，當自律神經失調症狀出現時，一定要接受它的存在，尋求專業身心科醫師的協助與安排治療計畫，千萬不能放任它，恣意啃食您的身心健康。
參考資料：
https://www.mayoclinic.org/diseases-conditions/autonomic-neuropathy/diagnosis-treatment/drc-20369836
http://drguo.pixnet.net/blog/post/375361916
http://raphaelmedical.com.tw/index3.php?b=59&p=419
http://raphaelmedical.com.tw/index3.php?b=6&p=112
http://www.drguo.com/page/about/index.aspx?kind=31
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